·常規(guī)信息  最近更新:2022年9月6日 6:02:00
                基因(座)名稱異三聚體G蛋白γ亞基; 直立型密穗基因; 直立穗基因
                G protein gamma subunit; heterotrimeric G-protein γ subunit; Gγ subunit; dense and erect panicle1; DENSE PANICLE 1
                基因符號OsDEP1; DN1; qPE9-1; qNGR9
                所在染色體9 (已克。

                Yan(2007), Zhou(2009)和Yi(2011)中的qPE9-1, Huang(2009)中的DEP1, Taguchi-Shiobara(2011)中的DN1, Sun(2014)中的qNGR9, 位于同一個基因位點...

                異三聚體G蛋白由α、β和γ三個亞基組成,DEP1/DN1/qPE9-1/qNGR9編碼γ亞基,編碼與磷脂酰乙醇胺結(jié)合蛋白有類似功能域的蛋白。

                DEP1位點是一個控制水稻產(chǎn)量性狀的主效QTL,并影響水稻氮利用效率,該位點上的顯性等位基因是一個功能性獲得性突變,它能引起稻穗變短、直立、著粒密集,以及氮不敏感型營養(yǎng)生長。

                突變體dep1相比野生型對照Dongjin分蘗角小,且抗紋枯。↙iu et al. 2021)。

                在中花11中過表達GGC2顯著增加粒長,而敲除GGC2降低了粒長,表明GGC2DEP1一樣,也是水稻粒長的正調(diào)控因子。單獨敲除DEP1GGC2,導(dǎo)致粒長分別降低7.47和11.18%,而雙突DEP1koGGC2ko的籽粒要更小,表明DEP1和GGC2對粒長的正調(diào)控有加性作用,且GGC2的效應(yīng)大于DEP1(Sun et al. 2018)。

                【定位與克隆】

                DEP1定位于第9染色體上SSR 標記RM3770~RM7424之間,與qPE9-1 等位,在這個區(qū)域,陳英之等也定位到一個直立穗基因,該基因與RM24423很近。

                DN1 N端包含的卷曲螺旋結(jié)構(gòu)域和核定位信號,可能是引起半矮化的原因,而跨膜α-螺旋、VWFC模塊和four-disulfide核心結(jié)構(gòu)域能夠增加穗粒數(shù)(Taguchi-Shiobara et al., 2011)。

                【亞細胞定位】

                細胞核+細胞膜

                【生物學(xué)功能】

                DEP1與LPA1的IDD結(jié)構(gòu)域互作。DEP1突變不影響LPA1蛋白水平,但DEP1抑制LPA1結(jié)合PIN1a啟動子的活性,揭示DEP1可能通過抑制LPA1轉(zhuǎn)錄激活下游基因PIN1a,從而調(diào)控水稻分蘗角和對紋枯病的抗性(Liu et al. 2021)。

                中國科學(xué)院遺傳與發(fā)育生物學(xué)研究所傅向東研究組與中國水稻研究所錢前研究組合作,從中國東北超級稻品種沈農(nóng)265中成功分離出控制水稻產(chǎn)量的關(guān)鍵多效基因DEP1,在該位點上的顯性基因是由于獲得性突變造成的,導(dǎo)致少編碼了一個類似于磷脂酰乙醇胺結(jié)合蛋白的蛋白。這個突變的DEP1 基因能促進細胞分裂,降低穗頸節(jié)長度并使稻穗變密、枝梗數(shù)增加、每穗籽粒數(shù)增多,從而促進水稻增產(chǎn)15%-20%。研究人員還發(fā)現(xiàn),目前在我國東北和長江中下游地區(qū)大面積種植的直立和半直立穗型的高產(chǎn)水稻品種都含有突變的DEP1 基因,表明DEP1基因已在我國水稻增產(chǎn)中發(fā)揮了關(guān)鍵作用(Huang et al., 2009)。

                Gγ蛋白DEP1與Gα亞基(RGA1)和Gβ亞基(RGB1)發(fā)生了互作,導(dǎo)致RGA1活性降低,RGB1活性增高,從而抑制了氮反應(yīng)。因此,G蛋白復(fù)合體能夠調(diào)控氮信號,調(diào)節(jié)G蛋白的活性可能是環(huán)保且可持續(xù)地提高水稻產(chǎn)產(chǎn)量的一個有前景的策略(Sun et al. 2014)。

                DEP1 基因不僅能促進水稻增產(chǎn),而且也能在其他主要農(nóng)作物(如小麥和大麥)中發(fā)揮作用,這一發(fā)現(xiàn)對農(nóng)作物高產(chǎn)分子育種有重要應(yīng)用價值,可望由此進一步研究和培育出更高產(chǎn)的農(nóng)作物新品種。

                qPE9-1是一個控制水稻穗型的主效QTL,但對單株產(chǎn)量有負作用,建議育種實踐中qPE9-1應(yīng)該與高產(chǎn)基因一起使用(Yi et al., 2011)。

                株型是一個重要的農(nóng)藝性狀,也是決定水稻高產(chǎn)的主要因子,而直立穗是粳稻品種首選株型。qPE9-1 是一個主效QTL,調(diào)控包括直立穗在內(nèi)的株型性狀。對近等基因系和轉(zhuǎn)基因系的表型分析發(fā)現(xiàn)有功能的等位基因qPE9-1 導(dǎo)致了穗下垂,而功能喪失性突變qpe9-1 引起穗直立。此外,qPE9-1 位點也調(diào)控穗長、粒長和粒重等性狀,進而影響水稻產(chǎn)量?傊,直立穗來自qPE9-1 基因一個偶然的功能喪失性自然突變,且后來成為粳稻育種中人工選擇的目標(Zhou et al., 2009)。

                qPE-9受到RGB1介導(dǎo),作為一個負調(diào)控因子在ABA介導(dǎo)的干旱脅迫響應(yīng)中發(fā)揮功能(Zhang et al. 2015)。

                水稻中3個G蛋白γ亞基GS3、DEP1GGC2,因蛋白C端結(jié)構(gòu)域變異導(dǎo)致其功能分化。DEP1GGC2的C端結(jié)構(gòu)域介導(dǎo)G蛋白信號傳導(dǎo),其功能發(fā)揮依賴G蛋白β亞基RGB1和α亞基RGA1,它們對籽長的調(diào)節(jié)作用是加性的。GS3本身對籽粒大小無影響,但它與DEP1GGC2競爭性結(jié)合Gβ,縮短粒長(Sun et al. 2018)。

                除調(diào)節(jié)粒形外,DEP1的C端突變還影響粒數(shù)、千粒重、堊白粒率和產(chǎn)量,而不影響分蘗。其中,DEP1-C2和DEP1-C3突變體顯著增加了籽粒數(shù)量、產(chǎn)量和品質(zhì),但千粒重略有減少。這表明調(diào)節(jié)DEP1的C端可以優(yōu)化產(chǎn)量和品質(zhì)之間的權(quán)衡(Huang et al. 2022)。

                【相關(guān)登錄號】
                contigs及其產(chǎn)物:CM000146EEE69800, AP005419BAD38070, AP008215BAF2520
                基因及產(chǎn)物ID號:FJ039904ACI25446, AB475006BAI66276, FJ501956ACL27948, FJ554569ACL98208
                cDNAs及其產(chǎn)物:FJ039905ACI25447, AB475007BAI66277, AK062809, AK064043, AK101247, AK102904
                參考基因組位點:Os09g0441900(RAP-DB, PhytoAB公司抗體服務(wù)←→ LOC_Os09g26999(本地、MSU-RGAP, 百格基因突變體服務(wù)←→ LOC4347178(NCBI)
                參考基因組產(chǎn)物:XM_015755406XP_015610892
                uniprot庫登錄號:Q67UU9
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                ·ONTOLOGY及相關(guān)基因
                表型特征株高(TO:0000207), 穗形(TO:0000262), 籽粒產(chǎn)量(TO:0000396), 紋枯病抗性(TO:0000255), 每穗實粒數(shù)(TO:0000447), 氮素敏感性(TO:0000011), 耐旱性(TO:0000276), 收獲指數(shù)(TO:0000128), 胚乳白堊度(TO:0000266), 千粒重(TO:0000592)
                分子功能GTP結(jié)合(GO:0005525), GTP酶活性(GO:0003924), 轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合(GO:0008134)
                生物進程細胞分裂調(diào)控(GO:0051302), 脫落酸應(yīng)答(GO:0009737), 有絲分裂調(diào)控(GO:0007346), 氮素利用調(diào)節(jié)(GO:0006808), 抗真菌反應(yīng)調(diào)控(GO:1900150), 細胞增殖調(diào)控(GO:0042127), 種子發(fā)育調(diào)控(GO:0080050)
                細胞結(jié)構(gòu)異源三聚體G蛋白(GO:0005834)
                ·參考文獻
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                9Shuta Kunihiro;Tatsuhiko Saito;Taiki Matsuda;Masataka Inoue;Masato Kuramata;Fumio Taguchi-Shiobara;Shohab Youssefian;Thomas Berberich;Tomonobu Kusano
                  Rice DEP1, encoding a highly cysteine-rich G protein γ subunit, confers cadmium tolerance on yeast cells and plants
                  Journal of Experimental Botany, 2013, 64(14): 4517-4527
                10Fumio Taguchi-Shiobara;Yasushi Kawagoe;Hiroshi Kato;Haruko Onodera;Akemi Tagiri;Naho Hara;Akio Miyao;Hirohiko Hirochika;Hidemi Kitano;Masahiro Yano;Seiichi Toki
                  A loss-of-function mutation of rice DENSE PANICLE 1 causes semi-dwarfness and slightly increased number of spikelets
                  Breeding Science, 2011, 61(1): 17-25
                11Xiuhua Yi;Zujian Zhang;Shengyuan Zeng;Chunyan Tian;Juncheng Peng;Min Li;Yue Lu;Qingcai Meng;Minghong Gu;Changjie Yan
                  Introgression of qPE9-1 allele, conferring the panicle erectness, leads to the decrease of grain yield per plant in japonica rice (Oryza sativa L.)
                  Journal of Genetics and Genomics, 2011, 38(5): 217-223
                12Xianzhong Huang;Qian Qian;Zhengbin Liu;Hongying Sun;Shuyuan He;Da Luo;Guangmin Xia;Chengcai Chu;Jiayang Li;Xiangdong Fu
                  Natural variation at the DEP1 locus enhances grain yield in rice
                  Nature Genetics, 2009, 41(4): 494-497
                13Yong Zhou;Jinyan Zhu;Zhengyi Li;Chuandeng Yi;Jun Liu;Honggen Zhang;Shuzhu Tang;Minghong Gu;Guohua Liang
                  Deletion in a Quantitative Trait Gene qPE9-1 Associated With Panicle Erectness Improves Plant Architecture During Rice Domestication
                  Genetics, 2009, 183(1): 315-324
                14Chang-Jie Yan;Ji-Hua Zhou;Song Yan;Feng Chen;Martin Yeboah;Shu-Zhu Tang;Guo-Hua Liang;Ming-Hong Gu
                  Identification and characterization of a major QTL responsible for erect panicle trait in japonica rice (Oryza sativa L.)
                  Theoretical and Applied Genetics, 2007, 115(8): 1093-1100
                中國水稻研究所
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