·常規(guī)信息  最近更新:2024年8月1日 20:24:00
                基因(座)名稱異三聚體G蛋白γ亞基; 粒長(zhǎng)粒重主效控制基因; 耐熱性; 花柱長(zhǎng)度
                G protein gamma subunit; heterotrimeric G-protein γ subunit; major QTL for grain length and weight; THEROMOTOLERANCE 2; style length 3
                基因符號(hào)GS3; TT2; OsSYL3
                所在染色體3 (已克。

                GS3(DQ355996, Fan et al. 2006; qRT-PCR primers: 5'-ctccaccgcgagatcggattc/catgacttcgcttctccgatg-3', Shen et al. 2023), TT2(Os03g0407400, Kan et al. 2022), OsSYL3(Os03g0407400, Dang et al. 2020), 位于同一基因位點(diǎn)...

                GS3 位點(diǎn),是控制水稻粒重和粒長(zhǎng)的主效QTL,同時(shí)也是控制水稻粒寬和籽粒充實(shí)度的微效QTL。

                【基因定位分析】

                GS3 定位于水稻第3 染色體近著絲粒區(qū),與標(biāo)記GS09和MRG5881連鎖。以明恢63(大粒)為輪回親本與川7(小粒)進(jìn)行連續(xù)雜交和回交,構(gòu)建了GS3 的近等基因系。對(duì)BC3F2 后代的201 個(gè)隨機(jī)個(gè)體進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)GS3 解釋了該群體80-90% 的粒重和粒長(zhǎng)的變異(Fan et al., 2006)。

                【基因克隆與生物學(xué)功能分析】

                GS3 cDNA全長(zhǎng)956bp,包含5個(gè)外顯子,編碼一個(gè)由232 個(gè)氨基酸組成的跨膜蛋白,該蛋白產(chǎn)物包含下列4 個(gè)結(jié)構(gòu)域:一種植物特有的調(diào)節(jié)器官大小的結(jié)構(gòu)域(organ size regulation, OSR)、一個(gè)跨膜區(qū)、腫瘤壞死因子受體/神經(jīng)生長(zhǎng)因子受體(tumor necrosis factor receptor/nerve growth factor receptor, TNFR/NGFR)家族中富含半胱氨酸的同源區(qū)域和C 端的C型血管性血友病因子(von Willebrand factor type C, VWFC模塊)。OSR 結(jié)構(gòu)域以前稱為PEBP 結(jié)構(gòu)域。序列分析表明,與小粒品種相比,大粒品種GS3 第2 外顯子中編碼第55 位半胱氨酸的密碼子TGC 突變成終止密碼子TGA,造成蛋白翻譯提前終止(缺失了178 個(gè)氨基酸),從而使得類PEBP 結(jié)構(gòu)域殘缺并缺少其他3 個(gè)功能域,這表明GS3 編碼的蛋白對(duì)粒重起負(fù)調(diào)控作用(Fan et al., 2006)。在最近的數(shù)據(jù)庫(kù)軟件分析中發(fā)現(xiàn)GS3 并不屬于PEBP 蛋白家族,通過比對(duì)發(fā)現(xiàn)推測(cè)的GS3 PEBP 結(jié)構(gòu)大約只有三分之一長(zhǎng)度的PEBP,僅有20.3%-28.4%相似性。通過數(shù)據(jù)庫(kù)同源比對(duì)發(fā)現(xiàn),GS3 的N端具有一個(gè)多數(shù)被子植物中高度類似且保守的66 aa的結(jié)構(gòu)域,如控制穗型的DEP1。作者暫時(shí)將該結(jié)構(gòu)命名為OSR(Mao et al., 2010)。

                禾谷類作物的產(chǎn)量很大程度上取決于其籽粒的大小。GS3 是一個(gè)控制籽粒大小的主效QTL,它在調(diào)節(jié)籽粒和器官大小中發(fā)揮負(fù)調(diào)節(jié)子的功能。通過原位雜交顯示GS3 在幼穗中表達(dá),并隨著穗子發(fā)育而減少,在其它組織如胚、莖端分生組織、葉和莖中有微弱表達(dá),但在根冠中大量表達(dá),real-time PCR同時(shí)證實(shí)了上述結(jié)果。野生型等位基因包含有四個(gè)推測(cè)的結(jié)構(gòu)域:N 端的OSR結(jié)構(gòu)域,一個(gè)跨膜區(qū),TNFR/NGFR家族富半胱氨酸結(jié)構(gòu)域,以及C 端的VWFC。這些結(jié)構(gòu)域在調(diào)節(jié)籽粒大小中發(fā)揮不同的功能:OSR結(jié)構(gòu)域作為一個(gè)負(fù)調(diào)節(jié)子發(fā)揮作用是充分必要的,野生型等位基因?qū)?yīng)形成中等長(zhǎng)度的籽粒,而OSR 結(jié)構(gòu)功能的丟失會(huì)導(dǎo)致形成長(zhǎng)的籽粒;C端TNFR/NGFR 和VWFC 結(jié)構(gòu)域顯示出對(duì)OSR 功能的抑制作用,這兩個(gè)功能域失活突變會(huì)產(chǎn)生非常短的籽粒。本研究將GS3 蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)域的功能與水稻種子籽粒大小的自然變異聯(lián)系了起來(Mao et al., 2010)。

                水稻中3個(gè)G蛋白γ亞基GS3DEP1GGC2,因蛋白C端結(jié)構(gòu)域變異導(dǎo)致其功能分化。DEP1GGC2的C端結(jié)構(gòu)域介導(dǎo)G蛋白信號(hào)傳導(dǎo),其功能發(fā)揮依賴G蛋白β亞基RGB1和α亞基RGA1,它們對(duì)籽長(zhǎng)的調(diào)節(jié)作用是加性的。GS3本身對(duì)籽粒大小無(wú)影響,但它與DEP1GGC2競(jìng)爭(zhēng)性結(jié)合Gβ,縮短粒長(zhǎng)(Sun et al. 2018)。

                高溫脅迫下維持正常的蠟質(zhì)含量對(duì)于水稻耐熱性至關(guān)重要,轉(zhuǎn)錄因子OsWR2正調(diào)控蠟質(zhì)合成。SCT1SCT2可以直接結(jié)合OsWR2啟動(dòng)子,抑制OsWR2表達(dá),負(fù)調(diào)控水稻耐熱性。SCT1/SCT2帶有鈣依賴的鈣調(diào)素(CaM)結(jié)合位點(diǎn),可以通過與CaM的互作來解碼胞內(nèi)的鈣信號(hào)。當(dāng)G蛋白γ亞基TT2功能正常,高溫會(huì)誘導(dǎo)鈣信號(hào)的產(chǎn)生并使得胞內(nèi)鈣濃度提高,高濃度的鈣離子會(huì)被CaM感知,并促進(jìn)CaM與SCT1/SCT2互作,從而加強(qiáng)SCT1/SCT2的轉(zhuǎn)錄抑制活性,最終導(dǎo)致OsWR2在高溫下的表達(dá)量迅速下調(diào),蠟質(zhì)減少無(wú)法抵御高溫,呈現(xiàn)出熱敏感表型;當(dāng)TT2功能缺失時(shí),熱誘導(dǎo)的鈣信號(hào)減弱,進(jìn)而減弱了SCT1與CaM的互作,降低了SCT1轉(zhuǎn)錄抑制活性,最終維持了OsWR2在高溫脅迫下的正常表達(dá)和穩(wěn)定的蠟質(zhì)含量,呈現(xiàn)出耐熱表型(Kan et al. 2022)。

                GS3、GW8GS9都參與了水稻穎花和柱頭的發(fā)育調(diào)控,影響其長(zhǎng)度或?qū)挾。三?em>gs3/gw8/gs9促進(jìn)穎花和柱頭細(xì)胞的縱向分裂并抑制其橫向分裂,進(jìn)而顯著提高了秈稻和粳稻的柱頭外露率達(dá)50%以上,并提高雜交制種產(chǎn)量,且不影響水稻的生長(zhǎng)發(fā)育與農(nóng)藝性狀(Zhu et al. 2023)。

                攜帶OsSYL3AA等位基因的材料的花柱長(zhǎng)度顯著長(zhǎng)于攜帶OsSYL3CC等位基因材料。OsSYL3AAOsSYL2AA等位基因頻率隨著北半球緯度的增加而逐漸降低(Dang et al. 2020)。

                OsGAMYBL2是OsmiR159的靶基因,正調(diào)節(jié)水稻對(duì)褐飛虱的抗性。OsGAMYBL2可以直接結(jié)合G蛋白γ亞基編碼基因GS3的啟動(dòng)子并抑制其表達(dá)。STTM159、GAMYBL2OE和GS3-4OE表現(xiàn)出相似的矮稈和小粒。GS3負(fù)調(diào)控褐飛虱的抗性,GS3過表達(dá)植株易感,而GS3敲除系對(duì)褐飛虱具有抗性(Shen et al. 2023)。

                【相關(guān)登錄號(hào)】
                contigs及其產(chǎn)物:AP014959BAS84642
                基因及產(chǎn)物ID號(hào):DQ355996ABC84855
                cDNAs及其產(chǎn)物:MW808603QZP12850, MW808604QZP12851
                參考基因組位點(diǎn):Os03g0407400(RAP-DB, PhytoAB公司抗體服務(wù)←→ LOC9269602(NCBI)
                參考基因組產(chǎn)物:XM_015774586XP_015630072, XM_015774587XP_015630073
                uniprot庫(kù)登錄號(hào):C6L686, C6L6A0, C6L6D8, Q2I0E2
                ·ONTOLOGY及相關(guān)基因
                表型特征褐飛虱抗性(TO:0000424), 種子發(fā)育特征(TO:0000653), 有絲分裂周期(TO:0000730), 耐熱性(TO:0000259), 粒長(zhǎng)(TO:0000734), 粒厚(TO:0000399), 脂質(zhì)總含量(TO:0000602), 千粒脫殼谷粒重(TO:0000592), 鈣含量(TO:0006047), 單株產(chǎn)量(TO:0000449), 制種產(chǎn)量(TO:0000905), 異交潛力(TO:0000330), 柱頭外露率(TO:0000044), 花柱長(zhǎng)度(TO:0011009), 去殼谷粒寬(TO:0000402)
                分子功能鳥苷三磷酸結(jié)合(GO:0005525), GTP酶活性(GO:0003924)
                生物進(jìn)程細(xì)胞分裂調(diào)控(GO:0051302), 高溫脅迫應(yīng)答(GO:0009408), 花器官發(fā)育(GO:0048437), 有絲分裂調(diào)控(GO:0007346), 細(xì)胞增殖調(diào)控(GO:0042127), 種子發(fā)育調(diào)控(GO:0080050), 鈣離子穩(wěn)態(tài)維持(GO:0055074), 蠟質(zhì)生物合成調(diào)控(GO:1904276), 抗蟲反應(yīng)調(diào)控(GO:2000068)
                細(xì)胞結(jié)構(gòu)異源三聚體G蛋白(GO:0005834)
                形態(tài)構(gòu)造果實(shí)(PO:0009001)
                ·參考文獻(xiàn)
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                  Targeted manipulation of grain shape genes effectively improves outcrossing rate and hybrid seed production in rice
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                  OsmiR159 Modulate BPH Resistance Through Regulating G-Protein γ Subunit GS3 Gene in Rice
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                  OsSYL2AA, an allele identified by gene-based association, increases style length in rice (Oryza sativa L.)
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                5Shengyuan Sun;Lei Wang;Hailiang Mao;Lin Shao;Xianghua Li;Jinghua Xiao;Yidan Ouyang;Qifa Zhang
                  A G-protein pathway determines grain size in rice
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                6Qian Liu;Ruixi Han;Kun Wu;Jianqing Zhang;Yafeng Ye;Shuansuo Wang;Jianfeng Chen;Yajun Pan;Qi Li;Xiaopeng Xu;Jiawu Zhou;Dayun Tao;Yuejin Wu;Xiangdong Fu
                  G-protein βγ subunits determine grain size through interaction with MADS-domain transcription factors in rice
                  Nature Communications, 2018, 9: 852
                7Duo Xia;Hao Zhou;Rongjia Liu;Wenhan Dan;Pingbo Li;Bian Wu;Junxiao Chen;Lingqiang Wang;Guanjun Gao;Qinglu Zhang;Yuqing He
                  GL3.3, a Novel QTL Encoding a GSK3/SHAGGY-like Kinase, Epistatically Interacts with GS3 to Produce Extra-long Grains in Rice
                  Molecular Plant, 2018, 11(5): 754-756
                8Noriko Takano-Kai;Kazuyuki Doi;Atsushi Yoshimura
                  GS3 participates in stigma exsertion as well as seed length in rice
                  Breeding Science, 2011, 61(3): 244-250
                9Song Yan;Guihua Zou;Sujuan Li;Hua Wang;Heqin Liu;Guowei Zhai;Peng Guo;Hongmiao Song;Changjie Yan;Yuezhi Tao
                  Seed size is determined by the combinations of the genes controlling different seed characteristics in rice
                  Theoretical and Applied Genetics, 2011, 123(7): 1173-1181
                10Chongrong Wang;Sheng Chen;Sibin Yu
                  Functional markers developed from multiple loci in GS3 for fine marker-assisted selection of grain length in rice
                  Theoretical and Applied Genetics, 2011, 122(5): 905-913
                11Hailiang Mao;Shengyuan Sun;Jialing Yao;Chongrong Wang;Sibin Yu;Caiguo Xu;Xianghua Li;Qifa Zhang
                  Linking differential domain functions of the GS3 protein to natural variation of grain size in rice
                  Proceedings of the National Academy of Sciences, 2010, 107(45): 19579-19584
                12Noriko Takano-Kai;Hui Jiang;Takahiko Kubo;Megan Sweeney;Takashi Matsumoto;Hiroyuki Kanamori;Badri Padhukasahasram;Carlos Bustamante;Atsushi Yoshimura;Kazuyuki Doi;Susan McCouch
                  Evolutionary History of GS3, a Gene Conferring Grain Length in Rice
                  Genetics, 2009, 182(4): 1323-1334
                13Chuchuan Fan;Sibin Yu;Chongrong Wang;Yongzhong Xing
                  A causal C–A mutation in the second exon of GS3 highly associated with rice grain length and validated as a functional marker
                  Theoretical and Applied Genetics, 2009, 118(3): 465-472
                14Chuchuan Fan;Yongzhong Xing;Hailiang Mao;Tingting Lu;Bin Han;Caiguo Xu;Xianghua Li;Qifa Zhang
                  GS3, a major QTL for grain length and weight and minor QTL for grain width and thickness in rice, encodes a putative transmembrane protein
                  Theoretical and Applied Genetics, 2006, 112(6): 1164-1171
                中國(guó)水稻研究所
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