源自秈稻品種"谷梅2號(hào)"的抗稻瘟病主效基因Pi-25，對(duì)中國(guó)稻瘟菌菌系92-183(小種ZC15)有較強(qiáng)的葉瘟和穗瘟抗性。源自秈稻品種"地谷"的主效抗稻瘟病基因Pi-d3，對(duì)我國(guó)稻瘟病生理小種Zhong-10-8-14表現(xiàn)較高的抗稻瘟能力。經(jīng)克隆鑒定，發(fā)現(xiàn)Pi25與Pid3位于同一個(gè)基因位點(diǎn)。

【基因定位分析】

Pi-25 定位于水稻第6 染色體標(biāo)記A7 和RG456 之間，圖距分別是1.7cM 和1.5cM（吳建利等, 2004）。

【基因克隆與生物學(xué)功能分析】

Pid3 cDNA 全長(zhǎng)2970 bp，含有2 個(gè)外顯子，編碼一個(gè)由923 氨基酸組成的蛋白產(chǎn)物，產(chǎn)物含有NBS-LRR結(jié)構(gòu)域和MHD基序。Pid3^Nip 在LRR結(jié)構(gòu)域中，轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)開始的第2208位核苷酸處，CAG被替換為TAG。

粳稻品種Pid3 假基因化是發(fā)生在秈粳分化以后的（Shang et al., 2009）。

源自秈稻品種"地谷"的主效抗稻瘟病基因Pi-d3，對(duì)我國(guó)稻瘟病生理小種Zhong-10-8-14表現(xiàn)較高的抗稻瘟能力。

由Mgnaporthe oryzae 引起的稻瘟病是最具毀滅性的植物病害之一。盡管亞洲栽培稻的兩個(gè)亞種，秈稻和粳稻，對(duì)稻瘟病表現(xiàn)出明顯的抗性差異，但是造成這種差異的基因組基礎(chǔ)卻并不清楚。核苷酸結(jié)合位點(diǎn)和富含亮氨酸重復(fù)（NBS-LRR）基因家族是水稻中一類主要的抗病基因家族，中國(guó)學(xué)者在全基因范圍內(nèi)對(duì)秈稻93-11和粳稻日本晴中的NBS-LRR假基因成員進(jìn)行了比對(duì)，結(jié)果發(fā)現(xiàn)這兩個(gè)基因組上假基因的分布和結(jié)構(gòu)存在巨大的差異。根據(jù)全基因組比對(duì)結(jié)果，作者設(shè)計(jì)了大量基于PCR的分子標(biāo)記，用以特異性擴(kuò)增日本晴的的NBS-LRR假基因成員。這些標(biāo)記與稻瘟病感病性狀是共分離的，因而可以用來對(duì)由抗病秈稻和感病粳稻為父母本獲得的后代分離群體的抗感情況進(jìn)行鑒定。通過這種策略，他們?cè)诙i稻品種地谷中分離了一個(gè)新的抗稻瘟病基因Pid3。在大部分被測(cè)的粳稻品種中Pid3 基因轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)開始的第2208位核苷酸處的無義突變導(dǎo)致了粳稻中的Pid3 基因成為了假基因。同時(shí)，這個(gè)位點(diǎn)的突變卻沒有在秈稻、非洲栽培稻或是AA組的野生稻中被檢測(cè)到。這些結(jié)果都說明粳稻品種Pid3 假基因化是發(fā)生在秈粳分化以后的（Shang et al., 2009）。

【基因克隆與生物學(xué)功能分析】

Pid3 cDNA全長(zhǎng)2970 bp，含有2 個(gè)外顯子，編碼一個(gè)由923 氨基酸組成的蛋白產(chǎn)物，產(chǎn)物含有NBS-LRR結(jié)構(gòu)域和MHD基序。Pid3^Nip 在LRR結(jié)構(gòu)域中，轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)開始的第2208位核苷酸處，CAG被替換為TAG。

NLR蛋白Pid3作為重要的免疫受體，對(duì)稻瘟病作出應(yīng)答反應(yīng)（Zhou et al. 2019）。

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